Quy chế phối hợp quy định rõ phạm vi, nguyên tắc và trách nhiệm của hai bên trong công tác giữ gìn an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội, bảo vệ bí mật Nhà nước, phòng ngừa, đấu tranh với các loại tội phạm, tệ nạn xã hội, phòng chống cháy nổ, khủng bố và các hành vi vi phạm pháp luật trong lĩnh vực y tế. Hai đơn vị sẽ thường xuyên trao đổi thông tin, phối hợp xác minh, điều tra, giải quyết các vụ việc phát sinh; tham mưu cho cấp ủy, chính quyền xã ban hành chủ trương, chính sách phù hợp; đồng thời phát động phong trào toàn dân bảo vệ an ninh Tổ quốc trong cơ sở y tế.
Đây là cơ sở quan trọng nhằm phát huy vai trò, trách nhiệm của mỗi đơn vị, bảo đảm sự thống nhất trong chỉ đạo, điều hành, góp phần giữ vững an ninh trật tự, xây dựng môi trường y tế an toàn, phục vụ tốt công tác chăm sóc và bảo vệ sức khỏe nhân dân.